과점주주가 되면 어떤 세금 책임이 생길까?

과점주주 세금 책임은 “회사의 모든 빚을 개인이 무한정 갚는다”는 뜻이 아닙니다. 비상장법인·코넥스 상장법인 등에서 본인과 특수관계인 지분을 합쳐 50%를 넘고 실질 지배 등 법정 요건을 갖추면, 크게 두 가지가 문제 됩니다. 회사가 내지 못한 국세·지방세를 지분비율 한도에서 대신 내야 하는 제2차 납세의무, 그리고 주식을 사서 과점주주가 되는 순간 회사 부동산 등을 취득한 것으로 보는 간주취득세입니다.

• 주주: 회사의 주식을 보유해 주주로서 권리를 갖는 사람이나 법인
• 법인: 법이 사람과 별도로 권리와 의무의 주체로 인정한 조직
• 의결권: 주주총회 등에서 안건에 찬성하거나 반대할 수 있는 권리
• 정관: 회사의 목적·조직·운영 원칙을 정한 기본 규칙

두 제도는 발생 원인, 기준일, 과세관청, 계산방식이 모두 다릅니다. 그래서 “과점주주인가”라는 질문 하나로 끝나지 않고, 어느 세금의 어느 날짜를 기준으로 보는지부터 나눠야 합니다.

구분	언제 문제 되나	기준 시점	근거
국세 제2차 납세의무	회사 재산으로 체납 국세를 다 못 낼 때	해당 국세의 납세의무 성립일	국세기본법 제39조
지방세 제2차 납세의무	회사 재산으로 체납 지방세를 다 못 낼 때	과세기준일 또는 납세의무 성립일	지방세기본법 제46조
간주취득세	주식 취득으로 과점주주가 되거나 비율이 늘 때	과점주주가 된 날(취득일)	지방세법 제7조 제5항

국세기본법 제39조는 거래·납세의무 성립 당시 적용되는 문구로 확인해야 합니다. 과거 해설에 나오는 “권리를 실질적으로 행사”라는 표현만 옮기지 말고, 현행 국세 조문의 “경영에 대하여 지배적인 영향력” 요건과 지방세기본법 문구를 각각 봐야 합니다. 특정 주주가 과점주주인지, 실제 세액이 얼마인지는 아래 자료를 맞춰 본 뒤에야 판단할 수 있습니다.

과점주주는 한 사람 지분만 보지 않는다

국세와 지방세 규정은 주주 한 명과 대통령령으로 정한 특수관계인(가족이나 지배관계에 있는 법인 등)의 주식·출자 지분을 합쳐 50%를 초과하는지 봅니다. 정확히 50%라면 ‘초과’가 아니므로 결론이 달라질 수 있습니다. 의결권 없는 주식의 처리, 명의신탁, 주식매매의 효력, 주주명부와 실제 권리 행사도 쟁점이 될 수 있습니다.

다음 자료를 거래 전에 한 표로 만드십시오.

항목	확인 자료	놓치기 쉬운 점
전체 발행주식	정관, 등기, 주주명부, 주권 자료	의결권 없는 주식과 소각·신주 발행
개인별 보유분	주식양수도계약, 대금, 명의개서	계약일과 권리이전일이 다를 수 있음
특수관계	가족관계, 출자·임원·지배 관계	세법별 시행령 범위를 별도 확인
실질 지배	의결권 행사, 대표·이사 활동, 위임	명의만 빌렸다는 주장만으로 부족할 수 있음
기준일	각 세금의 납세의무 성립일, 주식 취득일	현재 지분만 보고 과거 책임을 판단할 수 없음

주주명부상 이름과 실제 주주가 다른 문제는 명의만 빌려준 주주의 책임을, 주식 거래 문서는 주식 양수도 계약서의 필수 항목을 함께 확인할 수 있습니다.

회사가 국세를 못 내면: 제2차 납세의무

국세기본법 제39조는 법이 정한 상장법인을 제외합니다. 같은 법 시행령 제20조와 지방세기본법 시행령 제24조가 정한 제외 시장은 유가증권시장과 코스닥시장입니다. 코넥스에 상장됐다는 사실만으로 제2차 납세의무가 면제되지는 않습니다. 전제는 법인의 재산으로 그 법인의 국세와 강제징수비를 충당해도 부족한 경우입니다. 법인 재산이 충분한데 곧바로 과점주주에게 세금을 청구하는 구조가 아닙니다.

판단 시점은 해당 국세의 납세의무 성립일입니다. 나중에 주식을 팔았다고 과거 기준일의 지위가 사라지지는 않을 수 있습니다. 반대로 체납처분 시점에 주주라는 이유만으로 그 전 기간 세금까지 자동으로 떠안는다고 단정할 수도 없습니다. 세목별 납세의무 성립일과 그날의 지분·특수관계·지배 영향력을 하나씩 맞춰야 합니다.

책임 한도도 법 조문의 산식으로 계산합니다. 법인의 부족액 전부가 아니라, 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수(또는 출자총액) 중 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수·출자액의 비율이 기준입니다. 예를 들어 회사 재산으로 충당하고도 부족한 국세가 1억원이고 본인 지분이 30%라면, 1억원 전부가 아니라 그 비율에 해당하는 금액을 한도로 검토합니다. 여러 특수관계인이 함께 과점주주라면 각자의 지분과 권리 행사분을 따로 계산합니다.

국세 통지를 받았을 때 확인할 문서

1. 제2차 납세의무자 지정·납부통지서의 세목과 과세기간을 확인합니다.
2. 주된 납세자인 법인의 체납액과 재산 부족 근거를 확인합니다.
3. 각 세목의 납세의무 성립일을 적습니다.
4. 그 날짜의 주주명부, 계약서, 대금 흐름과 의결권 자료를 제출합니다.
5. 과점주주 합산 범위와 본인 책임 한도 산식을 검산합니다.
6. 불복기한과 제출기관은 통지서 및 국세기본법 절차를 기준으로 즉시 확인합니다.

“회사 경영에 참여하지 않았다”는 진술만으로는 부족할 수 있습니다. 대표이사 재직, 주주총회 출석, 배당, 급여, 인감·계좌 통제, 위임 관계 같은 객관적 자료가 함께 평가됩니다. 국세법령정보시스템에 공개된 판례도 납세의무 성립일의 소유관계와 실질 지위를 구체적으로 봅니다.

지방세 체납은 따로 판단합니다

지방세기본법 제46조도 법인의 재산으로 지방자치단체 징수금을 충당해도 부족한 경우를 전제로 합니다. 판단 기준은 해당 징수금의 과세기준일 또는 납세의무 성립일입니다. 과세기준일 규정이 없는 세목은 납기개시일이 문제 될 수 있습니다.

지방세 조문은 주주 한 명과 특수관계인의 합계가 50%를 초과하면서 그 권리를 실질적으로 행사하는 사람들을 과점주주로 정합니다. 책임은 법인의 부족액에 본인이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수·출자액 비율을 반영한 법정 한도 안에서 검토됩니다.

국세와 문장이 비슷하다고 의견서 한 장으로 끝내지 마세요. 국세 통지와 지방세 통지를 나눠 각각의 기준일·법조문·산식을 따로 정리해야 다툴 지점이 보입니다.

주식을 사서 50%를 넘기면: 간주취득세

간주취득세는 회사가 체납해야만 생기는 책임이 아닙니다. 회사 세금이 깨끗해도 주식 거래만으로 생길 수 있습니다.

지방세법 제7조 제5항은 법인의 주식이나 지분을 취득해 대통령령으로 정한 과점주주가 된 경우를 정합니다. 이때 그 과점주주가 해당 법인의 취득세 과세대상 부동산 등을 취득한 것으로 봅니다. 부동산 등기 명의는 그대로 회사에 있어도 세법상으로는 취득한 것으로 의제(실제와 달라도 법이 그렇게 보는 것)하는 셈입니다.

법인 설립 때 발행하는 주식이나 지분을 취득해 과점주주가 된 경우는 조문상 간주취득에서 빠집니다. 이미 과점주주인 집단의 비율이 추가 취득으로 늘어난 경우에는 지방세법 시행령 제11조에 따라 그 증가분이 문제 될 수 있습니다. 최초 과점주주가 되면 새로 산 증가분만이 아니라 그날 과점주주 집단이 보유한 전체 비율이 간주취득 범위의 기준입니다. 예를 들어 합산 49%에서 2%를 더 사 51%가 됐다면 원칙적으로 51% 상당을 검토합니다. 기존 과점주주의 추가 취득은 증가분을 보되 이전 최고비율을 넘지 않는 경우와 과점주주 지위의 상실·회복에는 제11조 제2항·제3항의 예외가 있습니다. 집단 안에서 주식이 오가 전체 비율이 늘지 않는 경우도 구분해야 합니다.

간주취득세는 지방세법 제7조 제5항에 따라 과점주주 사이의 연대납세의무도 적용됩니다. 회사 체납세금에 대한 개인별 제2차 납세의무 한도를 그대로 적용하는 제도가 아닙니다.

조사 대상은 회사가 가진 토지·건물·차량·회원권 같은 취득세 과세대상 자산과 그 장부가액, 신탁재산입니다. 회사 자산이 클수록 지분 몇 %의 거래가 큰 세금으로 이어질 수 있으므로, 주식 가격만 보고 계약하지 마세요.

주식 거래 전 간주취득세 계산표

계산 단계	질문
1	거래 직전 특수관계인 합산 지분은 얼마인가
2	거래로 처음 50%를 초과하는가, 기존 과점비율이 증가하는가
3	법인 설립 시 발행주식 취득 예외인가
4	회사가 보유한 취득세 과세대상 자산은 무엇인가
5	과점주주 성립일의 장부가액과 과세표준 자료가 있는가
6	감면·비과세 또는 조세특례 적용 가능성과 사후요건은 무엇인가
7	취득일로부터 일반적인 60일 신고·납부기한은 언제인가

지방세법 제20조는 원칙적으로 취득일부터 60일 안에 취득세를 신고·납부하도록 합니다. 주식 취득일과 명의개서일, 잔금일이 다르면 언제 과점주주가 됐는지가 다툼이 될 수 있습니다. 계약서에 세무 검토 기준일을 분명히 적고, 셋 중 가장 이른 날짜부터 60일을 세는 식으로 마감일을 보수적으로 잡으세요. 감면을 기대한다면 신청서와 사후관리 요건을 먼저 확인해야 합니다.

50% 경계를 넘는 거래 사례

예를 들어 주주 A가 35%, A의 특수관계인 B가 14%를 가지고 있다면 합계 49%입니다. 여기서 A가 2%를 더 사면 합계 51%가 되어 50% 초과 여부가 바뀝니다. 그러나 이 숫자만으로 세금이 정해지지는 않습니다. 주식 종류, 특수관계 해당 여부, 실제 지배·권리 행사, 회사의 상장 여부, 설립 시 취득인지, 회사 자산과 기준일을 함께 확인해야 합니다.

다른 예로, 과점주주 집단 합계가 이미 70%인데 A가 B의 주식 일부를 넘겨받아 집단 전체 합계는 70% 그대로인 경우가 있습니다. A 개인 지분은 늘었지만 집단 전체 비율이 늘어난 것인지, 시행령상 취득으로 보는 범위인지는 따로 따져 봐야 합니다. 가족 간 거래라고 “같은 집안이니 세금 없음”이라고 단정하면 위험합니다.

거래 전 증거와 계약 조항

자료	목적
거래 전후 주주명부	과점주주 성립·증가 시점 확인
특수관계도	합산대상과 근거 설명
주식계약·대금 증빙	실질 취득자와 취득일 입증
의결권 위임·주총 기록	실제 권리 행사와 지배 영향 검토
법인 자산명세·장부	간주취득세 과세대상과 과세표준 계산
체납·납세증명	거래 전 법인 세무 위험 확인
세무 검토서	적용 법령 버전과 가정 기록

주식양수도계약서에는 세무자료 제공, 기준일 전후 체납 책임, 신고 협력, 진술·보장 위반과 구상 절차를 넣을 수 있습니다. 당사자끼리 부담을 나누는 조항이 과세관청에 대한 법정 납세의무 자체를 바꾸지는 못합니다. 그래도 나중에 누가 얼마를 물어 줄지 다투는 구상 분쟁을 줄이는 근거가 됩니다.

회사가 부동산을 보유한다면 법인 명의 부동산 취득 시 점검사항과 법인의 주인과 대표이사의 차이도 함께 확인하십시오.

오해하기 쉬운 두 가지

명의상 주주라는 주장: 명의만으로 모든 책임이 확정되는 것도, “명의만 빌렸다”는 말만으로 책임이 사라지는 것도 아닙니다. 대금 출처, 주주권 행사, 배당, 임원 활동 등 실질 자료로 판단됩니다.

회사의 일반 채무까지 부담하는지: 제2차 납세의무는 법정 요건을 갖춘 체납 국세·지방세에 관한 제도입니다. 주식회사 주주는 원칙적으로 낸 출자금 범위에서만 책임을 집니다. 거래처 대금 같은 일반 채무에 대한 주주 책임은 법인격 부인, 보증, 불법행위 등 별도 법리로 판단하며, 과점주주라는 이유만으로 생기지 않습니다.

서명 전 마지막 점검

• 거래 전후 지분표를 특수관계인 단위로 만들었는가
• 50%를 처음 넘는 날, 또는 기존 과점비율이 늘어나는 날을 표시했는가
• 회사의 체납 국세·지방세와 각 세목의 기준일을 확인했는가
• 회사가 가진 취득세 과세대상 자산과 장부가액을 확인했는가
• 간주취득 가능성이 있다면 60일 신고기한을 달력에 넣었는가
• 과세표준과 감면 가능성을 관할 지방자치단체와 세무 전문가에게 확인했는가

지배관계나 명의신탁, 과거 체납이 얽힌 거래라면 서명 전에 세무사·변호사의 개별 검토를 받는 편이 안전합니다. 거래가 끝난 뒤에는 기준일을 되돌릴 수 없기 때문입니다.

2026년 10월 5일 정정: 상장시장별 제외 범위를 구분하고, 최초 과점주주 간주취득의 전체 보유비율·기존 최고비율 예외·연대납세의무를 명시했습니다.