법인의 최고 의사결정기구 주주총회란?

“내 회사 내가 알아서 하는데, 서류 작업이 뭐 그리 중요해?”

많은 대표님들이 이렇게 생각합니다. 1인 주주이거나 가족끼리 운영하는 소규모 법인이라면 더더욱 그렇습니다. 매일같이 처리해야 할 실무가 산더미인데, 주주총회니 이사회니 하는 것들은 그저 번거로운 요식행위처럼 느껴지기 때문입니다. 중요한 결정은 이미 대표의 머릿속에서, 혹은 식탁 위에서 다 끝났다고 믿습니다.

하지만 이 ‘사소한’ 절차를 건너뛰는 순간, 당신의 회사 발목에 보이지 않는 족쇄가 채워지기 시작합니다. 미래에 예상치 못한 세금 폭탄으로, 혹은 가장 믿었던 사람과의 법적 분쟁으로 돌아올 수 있는 시한폭탄입니다. 지금 서랍 속에 잠자고 있는 당신의 법인 등기부등본과 정관, 그리고 마지막으로 작성한 회의록은 과연 언제의 것입니까? 이 질문에 바로 답할 수 없다면, 이 글을 끝까지 읽으셔야 합니다.

주주총회, 단순한 연례행사가 아닙니다

많은 경영자들이 주주총회를 연말정산처럼 매년 거쳐야 하는 귀찮은 통과의례 정도로 여깁니다. 하지만 이는 주주총회의 본질을 완전히 오해한 것입니다. 주주총회는 법인이라는 배의 항로를 결정하는 최고 의사결정기구이자, 모든 경영 활동의 법적 정당성을 부여하는 ‘엔진’과도 같습니다.

비유를 들어보겠습니다. 회사를 하나의 국가라고 상상해 봅시다. 대표이사(CEO)는 국가를 운영하는 대통령(행정부)이고, 이사회는 주요 정책을 심의하는 국무회의와 같습니다. 그렇다면 주주총회는 무엇일까요? 바로 국민의 대표인 국회(입법부)입니다. 대통령이 마음대로 법을 만들거나 헌법을 바꿀 수 없듯이, 대표이사 역시 회사의 근간을 흔드는 중요한 결정을 독단적으로 내릴 수 없습니다. 그 최종 권한은 회사의 진정한 주인인 주주들의 모임, 즉 주주총회에 있습니다.

상법에서 이렇게 복잡한 절차를 요구하는 이유는 단 하나, ‘소유와 경영의 분리’ 원칙을 지키기 위해서입니다. 설령 주주가 단 한 명뿐인 1인 법인이라 할지라도 법은 자연인인 ‘대표 홍길동’과 법인격인 ‘주식회사 길동’을 엄격히 다른 존재로 봅니다. 주주총회는 개인 홍길동이 법인 길동에게 공식적으로 명령하고 승인하는 유일한 합법적 통로인 셈입니다. 이 통로를 거치지 않은 모든 결정은 잠재적인 법적 위험을 안게 됩니다.

‘서류 한 장’이 부르는 세금 폭탄과 법적 분쟁

“그래도 우리 회사는 나 혼자 북 치고 장구 치는 곳인데, 설마 문제 되겠어?”라는 안일한 생각이 가장 위험합니다. 문제가 터지는 것은 항상 회사가 잘 나갈 때, 혹은 예상치 못한 위기를 맞았을 때입니다. 주주총회 의사록이라는 ‘서류 한 장’의 부재가 어떻게 수천만 원의 세금과 돌이킬 수 없는 분쟁으로 이어지는지 구체적으로 살펴보겠습니다.

가장 흔한 사례는 임원 보수와 퇴직금 문제입니다. 정관에 임원 보수 규정이 없거나, 있더라도 주주총회에서 구체적인 보수 한도를 승인받지 않았다면 어떻게 될까요? 세무 당국은 대표이사가 받아 간 급여나 상여금을 공식적인 ‘비용’으로 인정하지 않을 수 있습니다. 법인의 비용으로 처리되지 못한 금액은 고스란히 법인세 부담 증가로 이어집니다. 더 최악의 경우, 이를 대표이사가 회사 돈을 개인적으로 빌려간 ‘가지급금’으로 판단하기도 합니다. 가지급금은 매년 4.6%의 인정이자를 발생시키는, 회사의 재무제표를 병들게 하는 악성 종양입니다.

주주 간 분쟁의 불씨가 되기도 합니다. 창업 초기에 의기투합했던 동업자나, 지분을 일부 나눠준 가족, 혹은 투자를 유치하며 들어온 외부 주주가 있다고 가정해 봅시다. 회사가 성장하고 이익이 나기 시작하면 미묘한 갈등이 싹트기 마련입니다. 이때, 과거에 주주총회 없이 진행된 신주 발행, 정관 변경, 대규모 투자 결정 등은 모두 공격의 빌미가 될 수 있습니다. 상대방은 “나는 동의한 적 없는 결정”이라며 ‘주주총회 결의 부존재 확인의 소’와 같은 소송을 제기할 수 있고, 만약 승소한다면 회사의 중요한 경영 결정들이 한순간에 물거품이 될 수도 있습니다.

이미 꼬여버린 실타래, 이렇게 풀어보세요

이미 수년간 주주총회를 건너뛴 채 회사를 운영해왔다는 사실을 깨닫고 눈앞이 캄캄해질 수 있습니다. 하지만 너무 늦었다고 자포자기하기는 이릅니다. 지금이라도 엉킨 실타래를 풀 수 있는 현실적인 방법들이 존재합니다. 물론, 완벽한 해결책은 아니며 약간의 위험을 감수해야 할 수도 있습니다.

가장 먼저 해야 할 일은 ‘특별결의를 통한 과거 행위의 추인’입니다. 이는 과거에 절차적 하자(주주총회를 열지 않은 것 등)가 있었던 이사 선임, 보수 지급, 재무제표 승인 등의 안건들을 현재 시점의 주주총회에서 특별결의를 통해 소급하여 인정해주는 방법입니다. 예를 들어, 3년 전 대표이사 본인의 보수를 결정하는 주주총회를 누락했다면, 지금이라도 주주총회를 열어 “과거 3년간의 임원 보수 지급 건을 현시점에서 승인한다”는 내용의 의사록을 남기는 것입니다.

하지만 이 방법이 만능은 아닙니다. 세무 당국은 이렇게 뒤늦게 작성된 의사록을 곱게 보지 않을 수 있으며, 특히 날짜를 소급하여 허위로 작성한 정황이 보이면 가혹한 세무조사로 이어질 수 있습니다. 따라서 단순히 서류를 만드는 데 그쳐서는 안 됩니다. 과거에 실제로 그런 결정이 있었다는 점을 입증할 수 있는 간접적인 증거들, 예컨대 이메일, 회계 자료, 내부 보고서 등을 최대한 확보하여 함께 보관해두는 것이 안전합니다.

상황이 복잡하고 잠재적 리스크가 크다고 판단되면, 주저하지 말고 법률 및 세무 전문가의 도움을 받아야 합니다. 현재 회사의 상태를 정확히 진단하고, 어떤 부분부터 바로잡아야 할지, 그리고 그 과정에서 발생할 수 있는 세무적 문제는 무엇인지 종합적인 컨설팅을 받는 것이 불필요한 비용과 시간을 아끼는 가장 현명한 길입니다.

절차를 존중하는 문화, 최고의 방어막입니다

한 번의 실수로 꼬인 문제를 해결하는 것도 중요하지만, 더 근본적인 해결책은 이런 문제가 다시는 발생하지 않도록 회사의 시스템을 만드는 것입니다. 주주총회를 ‘비용’이 아닌 ‘투자’로, ‘규제’가 아닌 ‘보호막’으로 인식하는 경영 철학의 전환이 필요합니다.

우선, 매년 초에 ‘연간 기업 법무 캘린더’를 만드십시오. 3월 정기주주총회, 분기별 이사회, 임원 임기 만료일 등을 미리 달력에 표시해두고, 최소 한 달 전부터 관련 안건을 준비하는 습관을 들이는 것입니다. 이는 마치 자동차 정기검진을 예약하는 것과 같습니다. 미리 준비하면 아무 문제 없이 지나갈 수 있는 일을, 놓치게 되면 과태료는 물론 더 큰 위험을 감수해야 합니다.

1인 주주 회사라면 더욱 간단하고 중요합니다. 매년 3월, 혼자 사무실에 앉아 노트북을 켜고 주주총회 의사록을 작성하는 ‘1인 주주총회’를 개최하십시오. “대표이사 홍길동은 주주 홍길동으로서 다음 안건을 승인한다”고 스스로 기록하는 것입니다. 어색하게 느껴질 수 있지만, 이 간단한 행위가 미래에 닥칠지 모를 수억 원의 위험으로부터 당신과 회사를 지켜주는 가장 강력한 법적 방어막이 됩니다.

미래를 전망해볼 때, 기업 경영의 투명성에 대한 사회적, 법적 요구는 갈수록 높아질 것입니다. 2025년 현재, 전자주주총회 제도가 활성화되면서 비대면으로도 얼마든지 효율적인 주주총회 진행이 가능해졌습니다. 기술의 발전이 절차 준수를 더 쉽게 만들어주고 있는 셈입니다. 과세 당국 역시 빅데이터와 AI를 통해 기업의 비정상적인 자금 흐름을 더욱 정교하게 추적하고 있습니다. 이런 흐름 속에서 절차적 정당성을 갖추지 못한 기업은 언제든 세무조사의 타깃이 될 수 있음을 명심해야 합니다.

회사의 역사는 재무제표의 숫자로만 기록되지 않습니다. 주주총회 의사록과 이사회 의사록은 그 숫자들이 어떤 고민과 합의를 통해 만들어졌는지를 증명하는 유일한 ‘공식 역사서’입니다. 선장이 항해일지를 꼼꼼히 기록하지 않는 배가 거친 바다에서 살아남을 수 없듯, 회의록이라는 항해일지 없이 회사를 경영하는 것은 스스로를 위험에 내모는 것과 같습니다. 지금 바로, 당신의 회사가 걸어온 길을 증명할 역사서를 제대로 쓰고 있는지 점검해 보시기 바랍니다. 그것이 10년, 20년 지속가능한 회사를 만드는 가장 견고한 첫걸음입니다.